سازمان بنادر و دریانوردی ایران به‌عنوان متولی امور بندری و دریایی کشور، پیشینه‌ای تاریخی دارد که به سال ۱۲۲۹ هجری قمری برابر با ۱۸۱۴ میلادی بازمی‌گردد. در آن زمان، اداره‌ای با عنوان «شعبه گمرکات جنوب» در بندر بوشهر تأسیس شد که وظیفه آن نظارت بر سواحل جنوبی ایران، جلوگیری از قاچاق کالا از مسیرهای دریایی و انجام امور مرتبط با بنادر و دریانوردی بود. با گذشت زمان و توسعه تجارت دریایی، اهمیت بنادر ایران افزایش یافت؛ به‌ویژه پس از تحویل تأسیسات بندر انزلی از دولت روسیه در سال ۱۳۰۶ و اتصال بنادر شمال و جنوب کشور از طریق راه‌آهن سراسری. همچنین با افتتاح جاده تهران ـ خرمشهر در سال ۱۳۰۷، بندر خرمشهر به یکی از مهم‌ترین مراکز تجارت دریایی کشور تبدیل شد. در ادامه، «اداره کل بنادر» در سال ۱۳۱۴ در تهران تأسیس شد تا کلیه امور بندری کشور را متمرکز و مدیریت کند و هم‌زمان توسعه و تجهیز بنادر شمالی و جنوبی کشور نیز در دستور کار قرار گرفت.

در سال‌های بعد، با تصویب آیین‌نامه‌ها و قوانین متعدد، ساختار و وظایف این نهاد گسترش یافت. از جمله در سال ۱۳۱۷ آیین‌نامه بندری ایران تصویب شد و در سال ۱۳۲۸ «بنگاه کل بنادر و کشتیرانی» جایگزین اداره کل بنادر شد. سپس در سال ۱۳۳۹ این مجموعه به «سازمان بنادر و کشتیرانی» تبدیل شد و مسئولیت‌هایی نظیر اعمال حاکمیت در آب‌های ساحلی، مدیریت امور بندری و دریایی، اجرای مقررات کشتیرانی، ثبت شناورها و توسعه کشتیرانی بازرگانی به آن واگذار شد. این سازمان طی سال‌های مختلف میان وزارتخانه‌های راه، بازرگانی، اقتصاد و دارایی جابه‌جا شد و با تصویب قوانین جدید، استقلال اداری، مالی و استخدامی بیشتری پیدا کرد. همچنین قانون دریایی ایران در سال ۱۳۴۳ به اجرا درآمد و سازمان شخصیت حقوقی مستقلی یافت. سرانجام در سال ۱۳۸۷، بر اساس مصوبه مجلس شورای اسلامی، نام «سازمان بنادر و کشتیرانی» به «سازمان بنادر و دریانوردی» تغییر یافت و تمامی قوانین و مقررات پیشین همچنان برای آن معتبر باقی ماند.

نسبت تنظیم‌گر با شوراهای بالادست:

شورای عالی صنایع دریایی، به صورت مستقل از ساختار سازمان بنادر و وزارت راه و شهرسازی قرارگرفته و دبیرخانگی آن توسط وزارت صمت است. این شورا در مقام سیاست‌گذاری در حوزه فعالیت های دریایی قرار دارد.